پژوهشکده مرکبات و میوه های نیمه گرمسیری بطور رسمی از سال 1376 با تصویب تشکیلات و چارت سازمانی توسط سازمان مدیریت و برنامه ریزی به مرکزیت شهرستان رامسر و زیر نظر سازمان تحقيقات، آموزش و ترويج کشاورزی تأسیس شد. اين پژوهشکده از سال 1339 با عناوین مختلف از جمله ایستگاه، بخش مستقل، مرکز و ... فعالیت تحقیقاتی داشته و به رفع مسائل و معضلات جامعه باغداری مرکبات کشور کمک می‌نمود. به صورت اجمالي تاريخچه پژوهشکده را به صورت زير مي‌توان مرور كرد:
- سال 1309: باغ فلاحت
- سال 1339: ایستگاه تحقيقات کشاورزی رامسر
- سال 1365: ايستگاه‌هاي مركبات غرب مازندران
- سال 1371: بخش تحقيقات مركبات مؤسسه اصلاح وتهيه نهال و بذر
- سال 1373: مركز تحقيقات مستقل مركبات
- سال 1376: تصويب تشكيلات و چارت سازماني مؤسسه تحقيقات مركبات كشور
- سال 1394: پژوهشکده مرکبات و میوه های نیمه گرمسیری
به‌طور كلي وظيفه‌ي اصلي پژوهشکده مرکبات و میوههای نیمه‌گرمسیری انجام پژوهش‌های کاربردی و مطالعه بنیادی مربوط به مرکبات و میوههای نیمه‌گرمسیری است. در واقع اين پژوهشکده بر حل مشکلات عمده علمی و فنی در تحقيق و توليد مرکبات و میوههای نیمه‌گرمسیری، تعیین اولویتهای تحقیقاتی مرکبات و میوههای نیمه گرمسیری، توسعه و پيشرفت در ارائه فن‌آوری‌های عملی و یافته‌های تحقیقاتی، هماهنگی برنامههای تحقیقاتی در سراسر کشور، تبادل علمی و همکاری در علوم کشاورزی با موسسه‌ها و سازمان‌های مرتبط در داخل و خارج از کشور، مشارکت در برنامههای آموزشی و ترویجی تاكيد دارد.
فعالیت‌های تحقیقاتی این پژوهشکده علاوه بر ستاد در 25 ایستگاه تحقیقاتی شمال و جنوب کشور انجام میشود. طبق شرح وظایف اعلام شده، پژوهش در زمینه مرکبات، زیتون، انار و خرمالو در دو ایستگاه كترا و خرم آباد تنکابن زیر نظر مستقیم پژوهشکده و در مراکز و ایستگاه‌های آستارا، بهشهر و بايع‌كلا، رودبار، طارم (در شمال ایران)، جیرفت، داراب، میناب، حاجی‌آباد، صفی‌آباد و شلدان و باهوكلات (در جنوب ایران) ، ساوه، یزد، طارم، رودبار، استهبان، كازرون، زرقان، كرج، گرگان، سرپل ذهاب، كاشمر، اجرای پروژه‌ها و امور پژوهشی بطور غیرمستقیم انجام میشود.